中新網(wǎng)青島3月11日電(胡耀杰 王禹)記者11日從中國海洋大學獲悉，該校海洋生命學院汪岷教授團隊基于序列比對和圖論方法，開發(fā)了病毒分類新工具Viral Taxonomic Assignment Pipeline(VITAP)。該成果近日在國際知名期刊《自然-通訊》(Nature Communications)上發(fā)表，為病毒組學和病毒生態(tài)學研究提供了重要工具。
病毒不僅對人類健康產(chǎn)生深遠的影響，也是全球生物地球化學循環(huán)的幕后推手。目前大多數(shù)病毒分類方法主要依賴于接近完整的病毒基因組數(shù)據(jù)，對片段化和不完整的病毒序列分類效果較差。此外，目前的技術(shù)手段大多對雙鏈DNA病毒的分類效果較好，而對RNA病毒和單鏈DNA病毒的高通量準確分類仍存在困難。特別是對于高度不完整的病毒片段，如何將其準確地進行分類仍然是一個亟須解決的問題。
上述問題限制了業(yè)界對環(huán)境中復雜病毒群體的深入解析。如何準確細致地對環(huán)境病毒進行分類，已成為當今生物學、醫(yī)學與生態(tài)學研究亟待突破的重要挑戰(zhàn)。
該研究團隊開發(fā)的VITAP通過結(jié)合序列比對與圖論算法，不僅能對DNA及RNA病毒進行精準分類，還為每個分類單元提供了置信度評估，可對長度短至1000個堿基對的病毒基因組序列進行從門到屬水平的高效分類，并大幅提升了病毒注釋率。
此外，VITAP能夠基于國際病毒分類委員會(ICTV)制定的最新分類數(shù)據(jù)庫進行自動更新，并支持用戶自定義分類數(shù)據(jù)庫。
在后續(xù)的分析測試中，該研究團隊將VITAP方法成功應用于宏病毒組和病毒基因組的注釋，結(jié)果顯示VITAP在科級和屬級的分類分析中不僅能保持超過90%的準確率、精度和召回率，還顯示出了優(yōu)于其他方法的注釋率。
整體而言，VITAP在保證高準確率的前提下，實現(xiàn)了更全面、穩(wěn)定的病毒分類，并為病毒基因組學、分類學和生態(tài)學研究提供了一個高效的自動化新工具。(完)
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