開發(fā)低成本、高性能的豬SNP芯片對(duì)我國豬分子育種和遺傳分析具有重要意義。
近日，中國農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科學(xué)技術(shù)學(xué)院教授丁向東團(tuán)隊(duì)開發(fā)了首款豬50K液相芯片——GBTS50K，包含52000個(gè)SNP位點(diǎn)，其SNP檢出率和個(gè)體檢出率為0.997~0.998。相關(guān)研究論文在《農(nóng)業(yè)科學(xué)學(xué)報(bào)(英文)》 (Journal of Integrative Agriculture，JIA) 2025年5期正式發(fā)表。
靶向捕獲測序（GBTS）基因分型技術(shù)同時(shí)具備固相芯片技術(shù)（高穩(wěn)定性和可靠性）和測序技術(shù)（高靈活性和低成本）的優(yōu)點(diǎn)。然而， GBTS技術(shù)尚未應(yīng)用于豬SNP芯片上。該研究基于GBTS技術(shù)，開發(fā)了首款豬50K液相芯片——GBTS50K，包含52000個(gè)SNP位點(diǎn)。
研究團(tuán)隊(duì)選取來自10個(gè)種豬場的6032頭大白、長白和杜洛克豬，對(duì)GBTS50K的性能進(jìn)行評(píng)估。結(jié)果表明，GBTS50K獲得了較好的基因分型性能，其SNP檢出率和個(gè)體檢出率為0.997~0.998，重復(fù)樣本的基因分型一致性和相關(guān)系數(shù)分別為0.997和0.993。
GBTS50K在遺傳分析和分子育種上表現(xiàn)優(yōu)異。例如，對(duì)于達(dá)100公斤體重日齡和100公斤活體背膘厚兩個(gè)重要經(jīng)濟(jì)性狀，使用GBTS50K的基因組選擇準(zhǔn)確性高于目前使用廣泛的GGP-Porcine固相芯片。并且，由于GBTS技術(shù)能夠檢測到多聚SNP位點(diǎn)，GBTS50K在不增加基因分型成本的情況下能夠獲得更多高質(zhì)量SNP位點(diǎn)（~100K）。利用這些SNP位點(diǎn)進(jìn)行單倍型基因組選擇，生長和繁殖性狀基因組選擇的準(zhǔn)確性可以進(jìn)一步提高2-6%。
該研究表明，GBTS50K可以成為豬遺傳分析和分子育種的有力工具，同時(shí)，也能夠給其它畜禽液相芯片開發(fā)提供借鑒。
丁向東為該文章的通訊作者，中國農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士研究生張梓鵬為第一作者。該研究得到了山東省重點(diǎn)研發(fā)、國家現(xiàn)代農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系和國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃的資助。
相關(guān)論文信息：https://doi.org/10.1016/j.jia.2023.07.033
本文鏈接：http://jphkf.cn/news-8-5465-0.html首款低成本高性能的豬SNP液相芯片開發(fā)成功
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