科技日報記者 張佳欣
據(jù)最新一期《科學(xué)》雜志報道，西班牙巴塞羅那基因組調(diào)控中心和英國威康桑格研究所的研究人員發(fā)現(xiàn)，蛋白質(zhì)的核心區(qū)域比此前認為的更穩(wěn)定、更具容錯性，顛覆了蛋白質(zhì)如多米諾骨牌一般，具有“牽一發(fā)而動全身”的脆弱結(jié)構(gòu)的認知。該成果有望顯著提升蛋白質(zhì)設(shè)計效率，加速新藥、新酶等生物產(chǎn)品的開發(fā)進程。
被隨機化處理的蛋白質(zhì)核心區(qū)域（圖中為金色和黑色）和表面區(qū)域（銀色）殘基。圖片來源：西班牙巴塞羅那基因組調(diào)控中心
蛋白質(zhì)由20種氨基酸組成，其可能組合數(shù)量極其龐大。即便一個僅含60個氨基酸的小蛋白，其排列組合方式也高達10的78次方，幾乎與宇宙中原子數(shù)量相當。面對如此復(fù)雜的組合可能性，科學(xué)界長期不解，為何進化能從中篩選出少數(shù)結(jié)構(gòu)穩(wěn)定、功能可靠的組合？
過去主流觀點認為，蛋白質(zhì)核心區(qū)域的氨基酸堆疊緊密，任意改動都可能導(dǎo)致整體結(jié)構(gòu)失穩(wěn)。但最新研究顯示，這一傳統(tǒng)觀念并不準確。
研究人員選擇了一種叫SH3的小型蛋白結(jié)構(gòu)作為研究對象，它廣泛存在于各種生物體內(nèi)。接著，他們制造了數(shù)十萬個略有不同的SH3版本，并測試它們是否還能正常折疊和發(fā)揮功能。結(jié)果顯示，絕大多數(shù)變體均能維持穩(wěn)定結(jié)構(gòu)。真正不可改動的“關(guān)鍵氨基酸”僅占少數(shù)。這意味著，蛋白質(zhì)的折疊規(guī)則比過去認為的要“寬容”得多。
研究人員還基于實驗數(shù)據(jù)建立了機器學(xué)習(xí)模型，用于預(yù)測蛋白質(zhì)序列的穩(wěn)定性。該模型在對比超過5萬個來自細菌、植物、昆蟲和人類的自然SH3序列時，準確率極高，即使某些序列與人類版本的相似度低于25%。
這項成果為蛋白質(zhì)工程帶來重要啟示。當前，研究人員在設(shè)計酶類藥物時，往往需要通過大量實驗逐一篩選略有不同的變體，過程緩慢且成本高昂。借助新模型，他們可在計算機中同時測試多個設(shè)計方案，極大提升研發(fā)效率。
本文鏈接：http://jphkf.cn/news-2-3140-0.html蛋白質(zhì)核心區(qū)比此前認為的更穩(wěn)定
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