腫瘤組織具有高度異質(zhì)性，這導(dǎo)致傳統(tǒng)的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)難以全面揭示其特性。2月20日，記者從西安交通大學(xué)獲悉，為了解決這一難題，該校教授葉凱及其團(tuán)隊(duì)提出了STMiner方法，即利用基因表達(dá)的空間分布來(lái)構(gòu)建腫瘤組織的整體計(jì)算框架，相關(guān)研究成果于近日發(fā)表在《細(xì)胞·基因組學(xué)》雜志上。
葉凱表示，傳統(tǒng)方法通常將腫瘤組織的采樣點(diǎn)視為獨(dú)立的“房子”，統(tǒng)計(jì)每個(gè)采樣點(diǎn)的細(xì)胞類型和基因表達(dá)信息。然而腫瘤組織細(xì)胞類型多樣、基因表達(dá)雜亂無(wú)章、區(qū)域界限模糊，傳統(tǒng)辦法很容易產(chǎn)生誤差。STMiner方法能利用二維高斯混合模型和最優(yōu)傳輸理論，將離散的采樣點(diǎn)轉(zhuǎn)化為連續(xù)的基因分布地圖，就像把零散的房屋信息繪制成一張完整的居民分布圖。這不僅能更準(zhǔn)確地反映腫瘤組織的真實(shí)情況，還能減少干擾信息，幫助科學(xué)家更清晰地觀察基因的空間分布規(guī)律。
憑借這一方法，葉凱教授團(tuán)隊(duì)成功定位了高度復(fù)雜、邊界不清的腫瘤組織中的獨(dú)特基因表達(dá)模式，清晰區(qū)分了正常與異常組織的邊界，并識(shí)別出一些此前被忽視的關(guān)鍵基因和空間結(jié)構(gòu)。
腫瘤組織具有高度異質(zhì)性，這導(dǎo)致傳統(tǒng)的空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)難以全面揭示其特性。2月20日，記者從西安交通大學(xué)獲悉，為了解決這一難題，該校教授葉凱及其團(tuán)隊(duì)提出了STMiner方法，即利用基因表達(dá)的空間分布來(lái)構(gòu)建腫瘤組織的整體計(jì)算框架，相關(guān)研究成果于近日發(fā)表在《細(xì)胞·基因組學(xué)》雜志上。
葉凱表示，傳統(tǒng)方法通常將腫瘤組織的采樣點(diǎn)視為獨(dú)立的“房子”，統(tǒng)計(jì)每個(gè)采樣點(diǎn)的細(xì)胞類型和基因表達(dá)信息。然而腫瘤組織細(xì)胞類型多樣、基因表達(dá)雜亂無(wú)章、區(qū)域界限模糊，傳統(tǒng)辦法很容易產(chǎn)生誤差。STMiner方法能利用二維高斯混合模型和最優(yōu)傳輸理論，將離散的采樣點(diǎn)轉(zhuǎn)化為連續(xù)的基因分布地圖，就像把零散的房屋信息繪制成一張完整的居民分布圖。這不僅能更準(zhǔn)確地反映腫瘤組織的真實(shí)情況，還能減少干擾信息，幫助科學(xué)家更清晰地觀察基因的空間分布規(guī)律。
憑借這一方法，葉凱教授團(tuán)隊(duì)成功定位了高度復(fù)雜、邊界不清的腫瘤組織中的獨(dú)特基因表達(dá)模式，清晰區(qū)分了正常與異常組織的邊界，并識(shí)別出一些此前被忽視的關(guān)鍵基因和空間結(jié)構(gòu)。
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